El Museo se ubica en el antiguo Convento de la Victoria, uno de los edificios más singulares de la localidad. Este edificio alberga además otras salas como la Sala Fosforito o el Museo Permanente de la Semana Santa. El museo está constituido por dos secciones, Etnografía y Arqueología, esta última recoge en sus fondos una serie de materiales arqueológicos procedentes de yacimientos del término municipal de Puente Genil como Los Castellares, Castillo Anzur o Fuente Álamo.
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